Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing)
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Objectifs de la formation
- Comprendre les principes fondamentaux du séquençage digital d’ADN, ou Séquençage Nouvelle Génération (NGS)
- Construire un protocole expérimental dédié à l’analyse d’un gène, d’un groupe de gènes, d’un génome, ou d’un transcriptome
- Comprendre les différentes technologies disponibles aujourd’hui (454, Illumina et IonTorrent)
- Comprendre les bases des protocoles (matériel de départ, construction des librairies, séquençage, validation des résultats)
| Tarif |
A partir de 1 160,00 € |
| Durée | 14 heures sur 2 jours |
| Modes |
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| Sessions | |
| Lieux | Partout en France |
| Tarif |
A partir de 1 160,00 € |
| Durée | 14 heures sur 2 jours |
| Modes |
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| Sessions | |
| Lieux | Partout en France |
Programme
Jour 1 - Matin
1. Décrire les principes fondamentaux du séquençage NGS
- Introduction au séquençage NGS : historique et évolution.
- Principe de base du séquençage NGS : technologie, avantages et limites.
- Types de séquençage NGS : séquençage de l'ADN, de l'ARN, du génome complet, du exome, etc.
2. Expliquer le processus de préparation des échantillons pour le séquençage NGS
- Préparation des échantillons : extraction de l'ADN/ARN, quantification et contrôle qualité.
- Préparation de la librairie : fragmentation, ajout d'adaptateurs et amplification.
- Contrôle qualité de la librairie et quantification.
Jour 1 - Après-midi
3. Présenter les différentes technologies de deuxième et troisième génération (Illumina, Ion Torrent, MGI, AVITI, PacBio, Oxford Nanopore
- Capacité
- Flow cell
- Gestion des librairies
- Utilisations et applications
Jour 2 - Matin
4. Analyser et sélectionner les données issues du séquençage NGS
- Introduction à l'analyse des données NGS : alignement, identification des variants, annotation.
- Identification de SNPs, gènes individuels, ou groupe de gènes.
- Logiciels et outils pour l'analyse des données NGS
- Interprétation des résultats : identification des variants pathogènes, analyse comparative, etc.
- Application en recherche fondamentale: régulation des gènes et épigénétique
5. Évaluer les différentes méthodes de séquençage NGS et choisir la plus adaptée à une situation donnée
- Reséquençage de gènes et de génomes (bactériens ou eucaryotes).
- Analyse d’ARN, miRNA ou transcriptome.
- Séquençage de novo.
- Comparaison des différentes méthodes de séquençage NGS : avantages, limites et applications.
- Choix de la méthode de séquençage NGS : critères de choix, coût, délai, précision, etc.
Jour 2 - Après-midi
6. Présenter les résultats du séquençage
- Présentation du logiciel
- Principes du contrôle qualité des données
- Concertation biologique et intégration des données cliniques
Prérequis
Public
- Niveau Initiation
- Socle de compétences en fin de formation
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