Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing)

Qualiopi
À partir de 1160 €
Durée 14h en 2 jours
Localisation Partout en France
Logo de BIOFORMATION - Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing)

Proposé par

BIOFORMATION

Prérequis

Connaissances de base en biologie moléculaire et en PCR

Public admis

  • Salarié en Poste
  • Entreprise

Demandeur d'emploi et Etudiant non admis

Financement

  • Votre OPCO
  • Financement personnel

Financement CPF non pris en charge

Modalités

  • En centre
  • En entreprise
  • À distance

Objectifs pédagogiques

  • Comprendre les principes fondamentaux du séquençage digital d’ADN, ou Séquençage Nouvelle Génération (NGS)
  • Construire un protocole expérimental dédié à l’analyse d’un gène, d’un groupe de gènes, d’un génome, ou d’un transcriptome
  • Comprendre les différentes technologies disponibles aujourd’hui (454, Illumina et IonTorrent)
  • Comprendre les bases des protocoles (matériel de départ, construction des librairies, séquençage, validation des résultats)

Programme de la formation

Jour 1 - Matin

1. Décrire les principes fondamentaux du séquençage NGS
  • Introduction au séquençage NGS : historique et évolution.
  • Principe de base du séquençage NGS : technologie, avantages et limites.
  • Types de séquençage NGS : séquençage de l'ADN, de l'ARN, du génome complet, du exome, etc.
2. Expliquer le processus de préparation des échantillons pour le séquençage NGS
  • Préparation des échantillons : extraction de l'ADN/ARN, quantification et contrôle qualité.
  • Préparation de la librairie : fragmentation, ajout d'adaptateurs et amplification.
  • Contrôle qualité de la librairie et quantification.

Jour 1 - Après-midi

3. Présenter les différentes technologies de deuxième et troisième génération (Illumina, Ion Torrent, MGI, AVITI, PacBio, Oxford Nanopore
  • Capacité
  • Flow cell
  • Gestion des librairies
  • Utilisations et applications

Jour 2 - Matin

4. Analyser et sélectionner les données issues du séquençage NGS
  • Introduction à l'analyse des données NGS : alignement, identification des variants, annotation.
  • Identification de SNPs, gènes individuels, ou groupe de gènes.
  • Logiciels et outils pour l'analyse des données NGS
  • Interprétation des résultats : identification des variants pathogènes, analyse comparative, etc.
  • Application en recherche fondamentale: régulation des gènes et épigénétique
5. Évaluer les différentes méthodes de séquençage NGS et choisir la plus adaptée à une situation donnée
  • Reséquençage de gènes et de génomes (bactériens ou eucaryotes).
  • Analyse d’ARN, miRNA ou transcriptome.
  • Séquençage de novo.
  • Comparaison des différentes méthodes de séquençage NGS : avantages, limites et applications.
  • Choix de la méthode de séquençage NGS : critères de choix, coût, délai, précision, etc.

Jour 2 - Après-midi

6. Présenter les résultats du séquençage
  • Présentation du logiciel
  • Principes du contrôle qualité des données
  • Concertation biologique et intégration des données cliniques
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