Analyse et interprétation de données de séquençage haut-débit
Public admis
- Salarié en Poste
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- Entreprise
- Etudiant
Financements
Eligible CPF Votre OPCO Financement personnel
Objectifs de la formation
- Comprendre les différentes étapes intervenant dans l’analyse de données de séquençage haut-débit, ou NGS, dans le domaine du diagnostic médical (maladies rares ou héréditaires, génétique somatique)
- Détecter et interpréter des variations génomiques dans un contexte pathologique, grâce à des outils et méthodes bioinformatiques employés dans l’analyse de ces données
| Tarif |
A partir de 1 160,00 € |
| Durée | 14 heures sur 2 jours |
| Modes |
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| Sessions | |
| Lieux | Partout en France |
| Tarif |
A partir de 1 160,00 € |
| Durée | 14 heures sur 2 jours |
| Modes |
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| Sessions | |
| Lieux | Partout en France |
Programme
Jour 1 - Matin
1. Expliquer les principes de base du séquençage haut-débit
- Défis et enjeux liés à l’analyse génomique et bioinformatique à l’ère du NGS (quantité de données générées, complexité des approches analytiques)
- Types d’applications dans le contexte du diagnostic médical et importance du choix de la méthode de préparation des librairies.
- Principe du séquençage haut débit
- Base calling et analyse primaire
- Présentation des formats de fichiers : FASTA, FASTQ
Pratique : FastQC
2. Effectuer un alignement au génome de référence
- Méthodes et algorithmes d'alignement
- Présentation des formats de fichiers : BAM, SAM et CRAM
- Critères de qualité d'un alignement
Pratique : visualisation d’un alignement dans un genome browser
Jour 1 - Après-midi
3. Détection des variants génomiques
- Principes de détection
- Encodage des variants
- Présentation des formats de fichiers : VCF
- Autres types de variations génomiques : CNVs, SVs.
Pratique : Introduction au terminal Linux et aux outils en ligne de commande.
Jour 2 - Matin
4. Interpréter les données de séquençage haut-débit pour l'annotation fonctionnelle
- Principe de l’annotation des variants
- Référentiels d’annotations : GENCODE, RefSeq
- Nomenclature des variants (HGVS)
- Présentation d’un outil d’annotation : VEP
5. Prédire la conséquence d’un variant génomique
- Scores de prédiction (fonctionnelle, épissage, conservation)
- Fréquence populationnelle
- Association génotype-phénotype
Jour 2 - Après-midi
6. Interpréter des variants génomiques dans un contexte clinique
- Critères de qualité
- Interprétation de variants en génétique somatique
- Interprétation des variants en génétique constitutionnelle
Prérequis
Public
- Niveau Initiation
- Socle de compétences en fin de formation
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Objectifs de la formation
A l'issue de cette formation, vous serez capable de :
- Définir et mettre en place un plan de sauvegarde cohérent par rapport aux exigences du SI
- Sauvegarder et restaurer efficacement les données d'une instance PostgreSQL en maîtrisant les différentes méthodes de sauvegarde et restauration des données
- Utiliser les outils disponibles dans PostgreSQL et les principaux outils de sauvegardes et restaurations disponibles dans la communauté (pitrery, pgBackRest, Barman...).
| Tarif |
A partir de 1 220,00 € |
| Durée |
2j / 14h |
| Modes |
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Objectifs de la formation
- Installer et configurer R – R Studio
- Installer et charger un package
- Utiliser R en mode console
- Exécuter et exploiter des scripts simples
- Obtenir de l'aide en ligne, rechercher des commandes permettant de réaliser l'action souhaitée
- Créer et manipuler les objets suivants : vecteurs, facteurs, data frames
- Filtrer un tableau de données
- Importer des données contenues dans un fichier ASCII ou dans une feuille de calcul Excel
- Créer et modifier un graphique simple : boîte à moustaches, nuages de points…
- Mettre en œuvre des analyses statistiques de bases sous R : Analyse descriptive des données, Intervalles de confiance, test de Student, test de Wilcoxon, test du Chi2
| Tarif |
A partir de 4 650,00 € |
| Durée |
3j / 21h |
| Modes |
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Formation Analyse financière en ESMS et PPIF : méthodologie d'élaboration
Proposé par LEFEBVRE DALLOZ COMPETENCESObjectifs de la formation
- Identifier les particularités comptables et financières des ESMS
- Analyser la nouvelle approche de l'EPRD et en particulier la notion de CAF
- Élaborer le diagnostic financier de l'établissement
- Construire les grands axes de son plan pluriannuel de financement des investissements
| Tarif |
A partir de 2 030,00 € |
| Durée |
3 jours |
| Modes |
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Objectifs de la formation
- Développer un comportement proactif d'anticipation et de management des risques.
- Mettre en œuvre les outils de prévention et de Management des Risques à l’Achat.
| Tarif |
A partir de 1 670,00 € |
| Durée |
2 jours (14 heures) |
| Modes |
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Objectifs de la formation
- Décrire les mécanismes d’accès aux bases de données avec Python ;
- Développer un module de connexion utilisation la DB-API pour utiliser une base de données ;
- Implémenter des fonctions permettant de manipuler les données en base ;
- Gérer les transactions et les exceptions dans les applications utilisant la DB-API ;
- Mettre en place l’ORM SQLAlchemy dans un projet Python ;
- Réaliser le mapping entre des tables de base de données et des classes Python ;
| Tarif |
Contacter l'organisme |
| Durée |
2j / 14h |
| Modes |
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Objectifs de la formation
A l'issue de cette formation, vous serez capable de :
- Construire des pages à formats multiples
- Modifier instantanément une mise en page selon le format
- Utiliser les styles simples à imbriqués
- Mieux structurer les documents
- Utiliser les métacaractères de recherche de la fenêtre GREP pour rechercher / remplacer dans les styles
- Mettre à jour dynamiquement des données issues de logiciels tiers.
| Tarif |
A partir de 560,00 € |
| Durée |
1j / 7h |
| Modes |
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Objectifs de la formation
A l'issue de cette formation, vous serez capable de :
- Configurer et administrer la confidentialté des données stockées sur les baies de stockage NetApp avec ONTAP 9.x
- Prévenir les actes de vol, piratage, sabotage sur les données stockées.
| Tarif |
A partir de 1 900,00 € |
| Durée |
2j / 14h |
| Modes |
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Objectifs de la formation
La formation Automatisation des tests web, mobile et APIs EN ANGLAIS a pour but de :
- Fournir les bases de l’automatisation de tests pour des applications web, mobile et les APIs.
- Améliorer les connaissances nécessaires pour réaliser une suite de test rapide, fiable et variabiliser les données de test.
L’accent est mis sur la compréhension des principes et la mise en place de bonnes pratiques au travers de cas concrets. L’outillage retenu pour faire des tests automatisés comporte notamment Selenium, Katalon ou Browserstack permet de réaliser la formation dans un environnement similaire aux entreprises.
Cette formation a pour objectif de :
- Découvrir les fondations nécessaires à l’automatisation de test avec l’outillage principal de Selenium et de Katalon
- Acquérir les bonnes pratiques d’extensibilité et de maintenance pour une suite de tests existantes, pour vous permettre de garantir leur stabilité et scalabilité
- Réaliser et mettre en place d’une suite de tests mobiles
- Gérer les environnements et mettre en place des tests pour des APIs en REST
A l’issue de cette formation, chaque apprenant sera capable de :
Mettre en place des tests automatisés pour les cas fréquemment rencontrés
- Connaitre les bases et fondations évolutives pour améliorer la maintenance des suites de test mises en place
- Savoir executer et maintenir une suite de tests
- Savoir executer des tests mobile
- Savoir executer des tests API en REST
| Tarif |
A partir de 720,00 € |
| Durée |
2 jours ; Formation réalisable à votre rythme durant 2 mois en format VOD (e-learning) |
| Modes |
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Objectifs de la formation
- Utiliser le logiciel Access pour créer une nouvelle base de données à partir d'un modèle
- Paramétrer sa base de données
- Déployer la base de données pour une petite équipe
- Identifier les enjeux de sécurité et choisir les options appropriées
| Tarif |
A partir de 1 390,00 € |
| Durée |
1j / 7h |
| Modes |
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Objectifs de la formation
A l'issue de cette formation, vous serez capable de :
- Gérer les données de base fournisseurs
- Traiter les processus de facturation de la comptabilité fournisseurs
- Gérer le processus de décaissement
- Traiter les activités de clôture de période de la comptabilité fournisseurs.
| Tarif |
A partir de 2 460,00 € |
| Durée |
3j / 21h |
| Modes |
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