Logiciel R / R STUDIO - Niveau 2 - Programmation

Rappels sur les fondamentaux sur le logiciel R

• Lire efficacement l'aide en ligne des commandes
• Rechercher les commandes
• Affichage, sauvegarde, suppression et chargement des objets en mémoire
• Trucs et astuces

Utilisation des fonctions les plus courantes du logiciel R

• Fonctions d'information sur les objets : which, unique, sort, duplicated…
• Principales fonctions mathématiques : log, mean, median, cumsum…
• Fonctions de type apply : apply, lapply, sapply, tapply
• Fonctions dédiées au traitement des chaînes de caractères : paste, grep, match, %in%...

Manipulation des objets R

• Création des objets R : vecteurs, facteurs, data frames, listes, listes imbriquées…
• Manipulation efficace des objets R ci-dessus
  • Dimension de l'objetü Modification des noms
  • Extraction des éléments : à partir des indices, par le biais de conditions
  • Ajout et suppression d'un élément
• Contrôle du type des objets et conversion des objets
  • Commandes is.something
  • Commandes as.something
  • Conversion d'une variable numérique en facteur
  • Conversion d'un facteur en variable numérique
  • Transformation d'une liste en vecteur

Manipulation des chaines de caractères et des dates

• Concaténation des chaines de caractères
• Extraction d'une partie d'une chaine de caractères
• Recherche d'un pattern (motif)
• Découpage des chaines de caractères
• Remplacement d'une partie d'une chaine de caractères
• Les commandes %in% et match
• Gestion des dates par le package lubridate

Manipulation avancée des tableaux de données sous R

• Tri un tableau de données
• Filtrage des données d'un tableau (lignes et/ou colonnes)
  • Par le biais des noms des éléments
  • Par le biais des indices des éléments
  • Par le biais des opérateurs de comparaison (extraction par condition)
  • Par le biais des opérateurs de comparaison et des opérateurs logiques (extraction par conditions)
• Extraction aléatoire d'observations d'un tableau
• Fusion de plusieurs tableaux de données
  • Commandes rbind et cbind
  • Commande merge
• Commandes stack et unstack
• Commandes melt et dcast du package reshape2
• Commandes reshape

Création de tableaux de synthèses

• Moyennes (et écart-types) par groupe
  • Commande tapply
  • Commande aggregate
• Synthèse de Normalité de toutes les variables quantitatives
• Synthèse des résultats des analyses statistiques : tableaux des p-values de toutes les variables…

Utilisation des commandes de type apply

• Commande apply
• Commande sapply
• Commande lapply
• Utilisation de ces commandes sur des cas concrets
• Comparaison des commandes lapply et sapply

Création et exécution de scripts élaborés

• Exécution des scripts : dans la console, à partir d'un autre script
• Entrées clavier et sorties écran
  • Commande scan(), package svDialogs
  • Commandes cat et print
• Structure de contrôle
  • Sélection : if, if else, ifelse, switch
  • Boucles : for, while, repeat
  • Commandes break, stop, next
• Extraire les éléments d'une analyse statistique : p-values d'une ANOVA, résidus d'une régression…

Création et exécution de fonctions utilisateurs

• Accéder au programme d'une fonction R (pour s'en inspirer, pour la modifier)
• Expression générale des fonctions
• Chargement d'une fonction utilisateur en mémoire
• Appel à une fonction utilisateur
• Valeur par défaut des arguments d'une fonction
• Les « … »
• Création d'une fonction d'automatisation de tâches complexes

Optimisation d'un programme

• Les erreurs à ne pas commettre
• Les solutions permettant d'éviter les boucles et les instructions de sélection
• Vectorisation d'un programme
• Les bonnes pratiques
• Structuration en projet R

RMarkdown

• Objectifs de RMarkdown
• Configuration d'un projet
• La démarche des blocs
• Mise en place de chunks R
• Sorties des résultats en mode onglets
• Exportation en Html
• Exportation vers Word, PowerPoint
• Portage des fichiers